Exercice avec Foldit

Cette séance est destinée a expérimenter la structure et dynamique des biomolécules de manière intuitive. Dans ce but nous utilisons le jeu de découverte scientifique foldit. Pour en connaitre plus sur ce logiciel vous pouvez lire un article sur Foldit écrit par trois de nos étudiants ou regarder ce TED-talk de Z Popovitc (en anglais).

    Après avoir téléchargé et installé foldit vous pourrez faire les exercice du tutoriel jusqu’au niveau 3-3. En parallèle vous répondrez aux questions suivantes:

•  Pourquoi est-il intéressant d’étudier la structure des protéines? Pourquoi la modéliser alors qu’il existe des méthode expérimentale pour la déterminer?
• Que représente le score? i.e. que signifient les points?
• Quelles sont les forces moléculaires à l’oeuvre?
• Pourquoi regrouper les résidus hydrophobes? Est-ce identique pour une protéine membranaire?
• Quelle partie d’un acide aminé est impliqué dans la formation des brins beta et des hélices alpha?
• Quelle fonction mathématique pourrait représenter les interactions de Van-der-Waals? liaisons hydrogène? liaisons covalentes? répulsion stérique?
• Pensez vous avoir expérimenté ces interactions dans le jeu? Dans quel exercice du tutoriel?

Les consignes pour l’évaluation sont données dans cette vidéo:

On utilisera la grille suivante:

Pour aller plus loin: Foldit utilise la mécanique moléculaire pour représenter l’interaction entre les atomes (voir les modules uniciel sur la dynamique moléculaire et la modélisation moléculaire).

Cette session s’inspire partiellement de cet article.

Foldit exercise from Antoine Taly is proposed under the term of the  licence Creative Commons Attribution – Share in same Conditions 3.0 France.